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Tras los rumores de ruptura del grupo debido a la gran cantidad de proyectos de sus componentes, el grupo contraataca con el que sería su último disco, Reinventing the Steel (2000), recuperando un sonido más pesado donde las raíces de Black Sabbath se sienten más que en sus últimos trabajos. Las canciones destacadas de este álbum son Goddamn Electric", Yesterday Don't Mean Shit, Revolution Is My Name (primer single y vídeo en el que se puede ver a los componentes en su pre-adolescencia pintados como los componentes de Kiss) y We'll Grind That Axe For A Long Time.
Este mismo año, Pantera se volvió a embarcar en otro Ozzfest junto con Ozzy Osbourne, Incubus, Queens of the Stone Age o Black Label Society. Una vez finalizado el Ozzfest, la banda giró por Australia, Estados Unidos, Corea del Sur y Europa. Sin embargo, los atentados del 11 de septiembre de 2001 hicieron que la gira por Europa se cancelase, regresando los miembros de Pantera a sus hogares en Estados Unidos. Una vez en casa, los hermanos Abbott habían planeado componer y grabar otro disco con Pantera, algo que nunca pudo llevarse a cabo. Durante esta época, Anselmo fundó nuevos proyectos, como Superjoint Ritual, y editó el segundo álbum de Down. El baterista Vinnie Paul expresó que Anselmo le había dicho que no giraría durante el tiempo que Pantera estuviese parada, algo que supuestamente rompió el cantante al organizar la gira de presentación del segundo trabajo de Down y el disco de Superjoint Ritual. Sin embargo, y según declaraciones de Anselmo, el descanso de Pantera y la realización de sus giras con Down y Superjoint Ritual se llevaron a cabo "de mutuo acuerdo".

El siguiente álbum de Pantera, The Great Southern Trendkill, fue publicado en 1996 durante el final del auge del grunge y el surgimiento del rapcore y el nu metal. Cabe destacar los temas Drag The Waters (el único single del álbum y una de las canciones más famosas de la banda), Floods (con uno de los solos de guitarra más complicados de Darrell), War Nerve y los complementarios Suicide Note Pt. I y Suicide Note Pt. II, dos canciones dedicadas por el cantante Phil Anselmo a su adicción a la heroína. Anselmo grabó sus partes vocales en un estudio de Nueva York junto con Trent Reznor de Nine Inch Nails, mientras el resto del grupo grabó lo que restaba en Texas, una prueba más del progresivo distanciamiento que sufría Anselmo con respecto al resto de integrantes de Pantera.
El 13 de julio de 1996, Anselmo sufrió una sobredosis de heroína una hora después de un concierto perteneciente a la gira que la banda estaba realizando a lo largo del estado de Texas. Su corazón se paró durante cinco minutos, aunque los médicos que lo atendían le administraron una fuerte dosis de adrenalina y fue enviado al hospital. Después de despertarse, Anselmo agradeció a sus compañeros de banda el apoyo recibido durante su sobredosis, aunque esto no hizo gran cosa en lo que respecta al distanciamiento de Anselmo con el resto de miembros, ya que los Abbott estaban avergonzados por el comportamiento del vocalista.
En 1997 publican el disco en directo Official Live: 101 Proof, recopilando las mejores canciones de sus cuatro discos anteriores tocadas en la gira Tourkill entre 1996 y 1997, demostrando su brutal puesta en escena y su sonido en directo, uno de los puntos fuertes del grupo. También añadieron dos temas inéditos grabados en estudio, Where You Come From y I Can't Hide, ambas grabadas en 1997. Dos semanas antes de la publicación de dicho álbum, la banda consiguió su primer disco de platino de su carrera por Cowboys from Hell. Apenas cuatro meses después, Vulgar Display of Power y Far Beyond Driven consiguieron este premio también.
Durante 1997, Pantera también tocó en el festival Ozzfest, siendo cabezas de cartel junto con Ozzy Osbourne, Black Sabbath, Marilyn Manson o Machine Head. Un año después repetirían la experiencia, tocando en el Ozzfest de 1998 junto con Slayer, Foo Fighters o Soulfly.
A lo largo de estos dos años, Anselmo se embarcó en más proyectos paralelos, entre los que hay que destacar su colaboración como guitarrista en el álbum de Necrophagia Holocausto de la Morte, y ayudó a los grupos de black metal Viking Crown y Eibon. Por su parte, los hermanos Abbot y Rex Brown formaron Rebel Meets Rebel junto con el vocalista David Allan Coe, en el que añadieron sonidos country al sonido de Pantera.

Posteriormente llegó Vulgar Display Of Power (25 de febrero de 1992), que presentó aún mayor madurez, más personalidad y estilo propio, acercándose ligeramente hacia el hardcore. En el disco destaca la ralentización de los tempos de sus canciones y el estilo aún más abrasivo y violento si cabe de Anselmo en la parte vocal. De este disco cabría destacar los temas Walk, A New Level, This Love, Mouth For War y Hollow. Los fans y críticos consideraron este trabajo como el mayor esfuerzo de la banda.Además, el público acompañó al álbum, llegando al 44º puesto en las listas del Billboard gracias, entre otros motivos, a la repercusión que tuvieron algunos de los vídeos del disco en la influyente MTV.

Al poco de editar el disco, Pantera colaboró con el vocalista de Judas Priest, Rob Halford, para grabar el tema Light Comes Out of Black, que conformó la banda sonora de la serie Buffy the Vampire Slayer. Para ello, Halford tomó la voz principal y Anselmo los coros. Después de esta pequeña incursión en el estudio de grabación, la banda se sumerge en una gira por Japón primero e Italia después, en la que compartieron escenario con estrellas del rock como Black Sabbath o Iron Maiden.

Cowboys from Hell (1990 - 1992) Poco después de la edición de Power Metal, Dimebag Darrell se presentó a las audiciones de Megadeth, para formar parte del grupo liderado por Dave Mustaine. Darrell había puesto como condición que se uniese también su hermano Vinnie Paul, pero al tener Megadeth un baterista estable como Nick Menza, Darrell no fue contratado, siendo elegido en su lugar Marty Friedman.

Phil Anselmo, segundo vocalista de Pantera, en un concierto con Superjoint Ritual el 14 de julio de 2004.

Después de buscar durante un largo periodo de tiempo un sello que acompañase a Pantera en la grabación del siguiente disco de la banda, Mark Ross, que trabajaba para Atco Records, vio un concierto de la banda en un local de Texas y convenció a su empresa para que fichase al grupo. Atco aceptó, y la banda remató el año 1989 grabando su siguiente material en los estudios Pantego.